申請は、オンライン申請、郵送又は持参による方法で申請が可能ですが、ドローン情報基盤システム（DIPS）のサイトからオンライン申請を行う方法をおすすめしています。

オンライン申請のメリットとしては、初めてでも申請書作成がそれ程難しくないこと、以前に許可・承認を受けた申請書を再利用し申請書作成ができるため最初から作成するよりも手間をかけずに申請書作成が可能であること、原則24 時間 365 日（ただし、送信された申請内容の審査開始は、各担当機関の窓口時間のみとなっているため、祝祭日や年末年始を除く月曜日から金曜日になります。また、ご利用可能時間内でも、サービスの運用停止、休止、中断等が行われることもありますので、申請は十分に余裕をもって行うことが大切です。）いつでも申請書の提出ができること等が挙げられます。

申請書は、飛行開始予定日の少なくとも１０開庁日前までに、申請先に提出することになっていますが、

申請に不備があった場合や申請が混み合っている場合には、審査に時間がかかるため、余裕をもって申請することをお勧めします。

また、無人航空機を飛行させる場合には、許可・承認とは別に条例や飛行が禁止されている場所の許可等を得なければならないケースがあります。飛行予定の場所で許可を得るなどの必要な手続き行ってから、許可・承認申請をする必要があり、思いがけなく時間がかかってしまうこともあるため、十分余裕をもって手続きを行うことが重要です。